1640-luvulla kaksi nuorta portugalilaista ’padrea’, katolisen kirkon jesuiittapappia lähtevät Japaniin etsimään sinne vuosia sitten kadonnutta Isä Ferreiraa. Papit Rodrigues ja Garupe löytävät Macaosta (joka oli tuohon aikaan Portugalin siirtomaa) nuoren japanilaismiehen nimeltä Kichijiro, joka lupaa viedä heidät Japaniin. Papit saapuvat eteläisen Japanin rannikolle ja löytävät kyläläisiä, jotka harjoittavat salassa kristinuskoa ja ottavat ilolla vastaan oikean papin. Kristittyjä jahdataan ja pidätetään kristinuskon harjoittamisesta. Paikallishallinnon inkvisiittori Inoue pidättää joukon kyläläisiä ja heidän johtajansa Mokichin. Inoue kiristää kristittyjä julistamaan luopuneensa uskosta, jotta hän säästäisi toisten kyläläisten hengen. Inoue käyttää aikansa kiduttaakseen vankejaan niin henkisesti kuin fyysisestikin, tappaen lopulta useita heistä. Kichijiro luopuu Inouen edessä uskosta, mutta hakee jatkuvasti synninpäästöä Rodriguesilta. Lopulta Rodrigues tapaa kadonneen Ferreiran, joka on luopunut kristinuskosta ja elää kuin japanilainen paikallisen vaimonsa kanssa. Rodrigues jää myös loppuelämäkseen Japaniin, mutta kristittynä vai uskostaan luopuneena?

Elokuva pohjautuu japanilaiskirjailija Shusaku Endon romaaniin Vaitiolo (Chinmoku, 1966)