Soppalinnan salaseura kertoo 10-vuotiaasta Marista, fiksusta ja rohkeasta tytöstä, joka asuu Soppalinnan satukaupungissa. Marin vanhemmat ovat aina töissä ja hän viettääkin suuren osan vapaa-ajastaan isoisänsä Peeterin kanssa, joka työskentelee yliopistossa professorina. Marilla on kolme oikein hyvää ystävää, joiden kanssa hänellä on salaseura. Tämä neljän nokkelan nuoren porukka ratkoo Marin isoisän keksimiä aarteenetsintätehtäviä.

Eräänä päivänä pikkukaupungin rauha järkkyy, kun salaperäinen myrkky saa aikuiset käyttäytymään pikkulasten tavoin. Salaseura joutuu keskelle huimaa seikkailua! He laittavat kaiken nokkeluutensa ja rohkeutensa peliin löytääkseen vastamyrkyn ennen kuin on liian myöhäistä. Siinä sivussa he joutuvat pakenemaan kiusaajia ja uhkaavaa pahantekijää. Onnistuvatko sankarimme löytämään vastamyrkyn ajoissa ja pelastamaan rakkaimpansa?

Soppalinnan salaseura pohjautuu Mika Keräsen tuotantoon ja suosittuihin lastenkirjoihin Oranssi polkupyörä ja Hopeinen aarrearkku. Elokuva on virolais-suomalainen yhteistuotanto, jonka teema tuo mieleen 1940–1960-luvuilla kirjoitetut Viisikot!