Emil muuttaa äitinsä kanssa maalta kaupunkiin. Maalle vanhaan kotiin jäävät Emilin isä ja koira. Kaupungissa kaikki on uutta, mutta pian Emil tapaa erikoisen henkilön, pelikaanimiehen. Emilin mielestä se on aivan selvästi lintu, mutta aikuiset eivät vain sitä huomaa. Tämä outo lintu pitää kovasti ihmisenä olosta; se kulkee ihmisen vaatteissa, opettelee puhumaan ihmisten tavoin ja hankkii itselleen asunnon sekä työpaikan. Emil alkaa opettaa uutta ystäväänsa lukemaan ja kirjoittamaan. Naapurissa asuva Elsa saa selville Emilin salaisuuden, mutta mitä tapahtuu kun aikuiset saavat selville herra Linnun taustan? Elokuva perustuu Leena Krohnin romaaniin Ihmisen vaatteissa.